FMT對部分晚期癌症患者的免疫治療反應有初步證據，反應率約三到四成，但目前沒有大型隨機對照試驗證實能大幅提升存活率。「存活率飆升至80%」誇大了現有研究結果，台灣核准的FMT應用僅限腸道疾病，癌症、糖尿病、減重仍屬實驗階段，不應取代正規治療。
