鳳梨酵素、木瓜酵素本質是蛋白酶，遇到強酸的胃液多數會被分解、失去活性；人體試驗顯示口服後僅極微量以具活性的完整分子形式進入血液，濃度低到難以支撐「吃水果幫助消化」的說法。健康人體內本來就有足量消化酵素，正常吃飯不需要額外補充；減肥效果目前僅見動物與體外研究，缺乏人體證據。較高劑量的醫療用鳳梨酵素製劑，在術後消腫、退化性關節炎止痛上確有一定臨床證據，但那是特定劑型與情境，和「吃水果助消化」是兩回事。
