褪黑激素短期使用對多數人耐受良好，最常見的是次日嗜睡、頭痛、頭暈與生動夢境，但它會與抗凝血劑、降血壓藥、免疫抑制劑、鎮靜劑等交互作用，且市售產品含量常與標示不符。安全與否取決於劑量、體質與用藥，請與醫師、藥師討論。
