一篇涵蓋失眠、阻塞性睡眠呼吸中止（OSA）及快速動眼期睡眠行為障礙（RBD）的系統性回顧與統合分析發現，睡眠障礙患者的腸道菌相多樣性顯著降低，且三種疾患呈現共同的菌相失衡模式：具抗發炎與產丁酸（butyrate）功能的菌屬減少，促發炎相關菌屬增加。然而，以修剪填補法（trim-and-fill）校正發表偏誤後，多樣性降低的統計顯著性減弱，顯示結論需審慎解讀。這是首篇橫跨多種睡眠疾患的腸腦軸（gut-brain axis）整合分析。
多篇系統性回顧與原始研究顯示，腸道菌相與睡眠品質之間存在雙向關聯，且兩者均與代謝症候群的風險密切相關。腸道菌群產生的短鏈脂肪酸（如丁酸）及色胺酸代謝物，透過腸-腦軸（gut-brain axis）影響晝夜節律與褪黑激素合成；特定菌屬的豐富度則與睡眠連續性有關。地中海式飲食等高纖維飲食模式可支持有益菌群，進而改善睡眠相關指標。另有實驗顯示，嚴重睡眠剝奪僅兩晚即可顯著降低腸道菌的多樣性，提示睡眠與腸道健康的交互影響不容忽視。目前人體介入性研究仍相當有限，因果方向尚待釐清。
近期三篇發表於 PubMed 的研究，從不同角度探討腸道菌相（gut microbiome）與睡眠品質的雙向關係。一篇敘事型系統回顧說明腸腦軸（gut-brain axis）如何透過血清素、GABA、短鏈脂肪酸等神經活性物質影響睡眠節律；另一篇系統回顧則連結菌相失衡（dysbiosis）、睡眠障礙與心血管疾病的三角關係；第三篇為概念驗證型隨機對照試驗，發現特定乳酸菌（Lactobacillus）組合在運動員與一般族群中，初步顯示改善自評睡眠品質的效果。三篇研究合起來勾勒出一個值得持續追蹤的研究方向，但目前的因果關係與臨床應用仍需更大規模的研究加以確立。
2026 年三項來自不同研究取徑的新證據，分別探討腸道菌群如何影響睡眠品質與慢性疲勞。第一項敘述性回顧提出，規律運動可能透過促進丁酸產生菌的生長，進而經由腸-腦軸對睡眠產生間接影響，但此路徑目前主要來自動物模型，人體直接因果證據有限。第二項涵蓋近 7,000 人的荷蘭世代研究發現，腸道菌多樣性較低與睡眠品質較差、較晚的睡眠類型，以及較大的社會時差（平日與假日作息時間差異）存在統計相關，但研究設計無法確立因果方向。第三項由 NIH 報告的多項研究則顯示，腸道菌組成改變可能是肌痛性腦脊髓炎／慢性疲勞症候群的生物標記。三條線索目前均屬相關性層次，尚待設計嚴謹的介入研究加以驗證。
多項近期研究顯示，人體腸道菌相（gut microbiome）與憂鬱、焦慮等情緒障礙之間存在顯著關聯。刊登於 NIH/PMC 神經科學與精神健康期刊的研究指出，憂鬱症患者的腸道菌多樣性較低，焦慮者則常見促發炎菌屬增加；益生菌與飲食介入在少數小規模研究的特定受試者身上展現出與藥物治療相近的症狀緩解效果，惟研究樣本數小、設計差異大，不宜直接類推。《Nature》評論進一步介紹「心理益生菌（psychobiotics）」的概念，指出恢復腸道菌相平衡可能是輔助治療方向之一。以泡菜、味噌為代表的發酵蔬菜，亦有初步證據支持其作為心理益生菌食物來源的潛力，但現有研究多為觀察性或短期介入，因果關係尚待確認。
